Az ország 1541-ben három részre szakadt, a törökök megjelenése miatt modernizálni kellett a végvári rendszert. A végvári rendszernek 3 része volt
- Adriától az Al-Dunáig, legfontosabb pontja Kanizsa.
- Északi-rész, legfontosabb pontja Trencsén.
- Erdélyi-rész, legfontosabb pontja Temesvár.
1551-ben sok várat felújítottak, köztük Szigetvárt is. Olasz füles-bástyákat használtak, melyeket ágyúkkal szereltek fel. A várakat külső várral látták el, és vizes-árokkal vették körül. A várakban végvári katonák szolgáltak, akik zsoldot kaptak. Ha nem kapták meg a zsoldot, akkor portyáztak. Jövedelmüket szőlőtermesztéssel, állattartással egészítették ki. Gyakran elszegődtek marhahajcsárnak a tőzsérek mellé.
A 16. századi várháborúknak 3 hulláma van. Az első hullám 1541-ben indul, ekkor esik el Buda, Esztergom és Siklós.
A második hullám 1552-ben indult. A török támadás oka: Szulejmán bosszút akar állni Erdély és a Királyi Magyarország egyesítése miatt. A török fősereg először Temesvárt foglalja el, védője Losonczi István. A török melléksereg elfoglalja Drégelyt, védője Szondi György. A két sereg Szolnoknál egyesül és megtámadják Egert, Dobó István győzelmet arat.
A török hódítás 3. hulláma 1566-ban indul. Szulejmán megtámadja Szigetvárt, védője Zrínyi Miklós. Szigetvár török kézre jut.
A várháborúk jelentősége abban állt, hogy lelassította a török utánpótlást és előrejutást. A várháborúk korát az 1568-as drinápolyi béke zárja le. Ez a béke szentesítette Magyarország 3 részre történő szakadását.