Előzmények (1490-1526)
I. (Hunyadi) Mátyás király 1490-ben bekövetkezett halálával az uralkodói hatalom rohamos gyengülésnek indult. II. (Jagelló) Ulászló (1490-1516) királyt a koronázási felétételek szorították korlátok közé (nem vezet be újításokat, eltörli az 1 forintos állami adót, a királyi tanáccsal és a rendekkel együtt kormányoz). A fizetetlenné váló fekete sereg bomlani kezdett, maradványait Kinizsi Pál alsó magyarországi főkapitány verte szét, így az ország haderő nélkül maradt. A magyar rendek az 1505-ös rákosi országgyűlésen végzést hoztak, hogy ha II. Ulászló fiú örökös nélkül halna el, akkor nem választanak többé idegen uralkodót, csak született magyart, és a leányági örökösödést sem ismerik el. Ennek hatálytalanítására 1506-ban létrejött a Habsburg- Jagelló családi örökösödési szerződés, miszerint a két dinasztia között keresztházasság jön létre. Az országot zavaros belpolitikai viszonyok jellemezték, a hatalom kicsúszott a tehetetlen király kezéből, és az egymással vetélkedő érdekcsoportok marakodtak rajta. Folyamatosan növekedtek a jobbágyságra nehezedő állami és földesúri terhek. A társadalom joggal volt elégedetlen az uralkodóval. 1514-ben a kiszámíthatatlanság és helyzetük romlása miatt Dózsa György vezetésével egy sikertelen parasztfelkelés zajlott le. Az ezt követő országgyűlés eltörölte a jobbágyság szabad költözködési jogát (röghözkötés), és kimondták heti egy napos robotkötelezettségét (a földesúr részére végzett ingyenmunka). II. (Jagelló) Lajos (1516-1526) uralkodása alatt folytatódott az államhatalom bomlása, az országot ténylegesen a bárók irányították. A királyi jövedelmeknek csak töredéke folyt be a kincstárba, amelyek alig fedezték a zsoldosok fizetségét, a déli végvárak karbantartására már alig futotta.
I. Szelim szultán (1512-1520) rövid uralkodása alatt megháromszorozta birodalma területét, elfoglalva a Közel-Keletet és Egyiptomot, amely így keleten (Ázsiában) és délen (Afrikában) elérte legnagyobb kiterjedését. 1520-ban I. Szulejmán szultán (1520-1566) került az Oszmán Birodalom élére, aki Európában kívánt tovább terjeszkedni. 1521-ben támadást indított az első magyar végvárvonal ellen, és el is foglalták Szabácsot, Zimonyt és Nándorfehérvárat, így megnyílt az út az ország belseje felé. II. Lajos ezt követően kísérletet tett az ország gazdasági és belpolitikai viszonyainak megszilárdítására, de törekvései nem hoztak komoly eredményt. Tomori Pált esztergomi érsekké, és alsó-magyarországi főkapitánnyá nevezte ki, aki minden erejével hozzálátott a Nándorfehérvárral szembeni védelmi vonal megszervezéséhez.
A mohácsi csata (1526. augusztus 29.)
1526-ban újabb török hadjárat indult Magyarország ellen, és II. Lajos seregeivel fel is vonult a támadók visszaverésére. 1526. augusztus 29-én Mohács közelében ütköztek meg egymással. Magyar részről a két fővezér Tomori Pál és Szapolyai György volt. A támadó fél 75-80 ezer katonával, míg a magyar kb. 25 ezer fős haderővel rendelkezett. A rövid lefolyású ütközetben a magyar sereg vereséget szenvedett. Meghalt a király, számos főpap és főúr, valamint 15 ezer köznemes. A szultán ezután akadálytalanul foglalta el és fosztotta ki Budát, majd seregével elhagyta hazánk területét. 1527-ben az ütközetet túlélő Brodarics István egykori kancellár írta meg visszaemlékezését „Igaz leírás a magyaroknak a törökökkel Mohácsnál vívott csatájáról” címmel.
Az ország két részere szakadásának folyamata (1526-1538)
A mohácsi csata súlyos katonai vereség volt, amelyet tovább tetéztek a fellángoló belpolitikai harcok. II. Lajosnak nem volt fiú utódja, így a megüresedett trónra két dinasztia is igényt formált. A Székesfehérváron összesereglett országgyűlésen 22 vármegye és a köznemesség egyetértésével novemberben magyar királlyá választották Szapolyai János erdélyi vajdát (1526- 1540), akinek a rákosi végzés teremtett jogalapot. Ő volt az ország legnagyobb földbirtokosa és jelentős haderővel is rendelkezett.
A II. Lajos özvegye által Pozsonyban megszervezett országgyűlésen főurak kis csoportja decemberben (Habsburg) Ferdinándot választotta magyar királlyá (1526-1564), aki a Habsburg- Jagelló családi örökösödési szerződésre hivatkozott. Ezzel kettős királyválasztás történt, és megindult kettejük küzdelme az egyeduralomért. 1527-ben Ferdinánd támadást indított János király ellen, aki katonailag felkészületlen volt, és külföldi támogatói sem akadtak. A Habsburg-hadak gyorsan elfoglalták a Dunántúlt, majd Buda várát. János király többször vereséget szenvedett, Erdélybe, majd Lengyelországba menekült.
Reménytelen helyzetében – és hűséges támogatója, Fráter György váradi püspök javaslatára – felvette a kapcsolatot a Portával (az Oszmán Birodalom központi irányítószerve, ahol a szultán, a nagyvezír és az ország többi politikai és vallási vezetői tanácskoztak). Szulejmánnak nem volt érdeke, hogy a Habsburgok helyzete megszilárduljon Magyarországon, ezért támogatásáról biztosította János királyt (1528, isztambuli szerződés), így bármikor beavatkozhatott az ország belügyeibe.
Szapolyai a török hadak segítségével hozzákezdett országa visszaszerzéséhez. 1529-ben Szulejmán személyesen vezetett hadat Magyarországra, elfoglalta Buda várát, amit aztán Szapolyainak engedett át. A törökök tovább vonultak Bécs elfoglalására, de a várost a nagy áldozatok ellenére sem tudták birtokukba venni (Ezzel 1532-es hadjárata alkalmával is sikertelenül próbálkozott, csak a Jurisics Miklós által védett Kőszeg várát tudta színleg meghódítani). A hadjárat következtében az ország középső- és keleti fele Buda várával János király fennhatósága alá került, a dunántúli területek és a Felvidék viszont Ferdinánd uralma alatt maradtak. Az 1532-es hadjárat után egy évtizedig nem kellett tartani török támadástól, így a két király között kiújultak a harcok, tovább folytatódott a polgárháború. Végül Ferdinánd és János belátta, hogy egyiküknek sincs elég ereje ahhoz, hogy kiszorítsák a másikat az országból. 1538-ban Váradon békét kötöttek, elismerve egymás királyi méltóságát. Megtartották a pillanatnyilag kezükön lévő területeket, de János király vállalta, hogy halála után az ő országrésze is Ferdinándra száll. A megállapodás időlegesen lezárta a harcokat, és állandósította a megosztottságot, az ország két részre szakadását. A béke titkos volt, a törökök tudta nélkül kötötték, hisz azok számára fontos volt Magyarország megosztottságának fenntartása.
Az ország három részere szakadásának folyamata (1538-1541)
Később Ferdinánd mégis beárulta a békét a Portán, János király pedig 1539-ben feleségül vette a lengyel király lányát, (Jagelló) Izabellát, és tőle 1540 nyarán fia született (János Zsigmond). Tíz nappal később János király meghalt, de halálos ágyán megeskette híveit a váradi béke felrúgására és fia trónutódlásának elismerésére. Ferdinánd a váradi egyezmény értelmében bejelentette igényét a János király kezén lévő területekre. A szultán azonban nem engedhette, hogy az országot a Habsburgok egyesítsék.
1541-ben Ferdinánd fegyveres erővel igyekezett megszerezni Budát. A védelmet Fráter György irányította, és Szulejmán felmentő seregekkel közeledett a főváros felé. A magyarok még a törökök megérkezése előtt szétverték Ferdinánd csapatait. 1541. augusztus 29-én a szultán magához hívatta a magyar tanácsosokat és a királyi gyermeket, ez alatt janicsárok szivárogtak be a budai várba, amit kardcsapás nélkül el is foglaltak. János Zsigmondot Magyarország királyává választották, helyette azonban anyja és a tehetséges pap, Fráter György intézte az ország ügyeit. A szultán évi 10 ezer forint adó fejében Izabellára és fiára, János Zsigmondra bízta Erdély, a Tiszántúl és a Temesköz kormányzását (ezekből jött létre később az Erdélyi Fejedelemség), ezek török függésben lévő területek lettek. A Felvidékre, a Dunántúl nyugati vármegyéire, valamint Horvátországra és Szlavóniára Ferdinánd terjesztette ki hatalmát (királyi Magyarország). Buda elfoglalásával az ország középső része közvetlenül török fennhatóság alá került, létrejött a Hódoltság. Az ország három részre szakadt.
A várháborúk kora (1541-1568)
1541 után a Habsburg-Oszmán vetélkedés tovább folytatódott, és megkezdődött a 1568-ig tartó várháborúk kora. A törökök számos hadjáratot vezettek Magyarország ellen, amelyekkel igyekeztek minél inkább kiszélesíteni a Hódoltság területét, valamint észak felé terjeszkedve elvágni egymástól a királyi Magyarországot és az Erdélyi Fejedelemséget. Ezek közül a legfontosabbak:
Az 1543-as számos magyar város és vár (Pécs, Siklós, Esztergom, Tata, Székesfehérvár, Visegrád, Nógrád, Hatvan) elfoglalását eredményezte.
Az 1552-es során tovább bővítették a hódoltság területét és újabb erődítmények (Veszprém, Drégely, Ság, Gyarmat, Szécsény, Hollókő, Buják, Temesvár, Lippa, Szolnok) kerültek török kézre. Ekkor azonban Eger vára (Dobó István) sikeresen verte vissza a támadókat.
1566-ban indította meg Szulejmán élete utolsó hadjáratát Magyarország ellen. Ennek célpontja a Zrínyi Miklós által védett Szigetvár volt. Zrínyi és a megmaradt védők hősi halált haltak, de az idős szultán is a táborban hunyt el. A várháborúk harcai és pusztításai sem hoztak döntő változást a Habsburg-Oszmán küzdelemben.
1568-ban I. (Habsburg) Miksa (1564-1576) magyar király és II. Szelim (1566-1574) szultán a konfliktus lezárásaként a status quo alapján megkötötték a drinápolyi békét. Ezzel állandósult az ország részekre szakadása, és ez a felszabadító háborúkig (1683-1699) így is maradt.