A vasvári béke hatalmas felzúdulást keltett Mo.-on. Az elégedetlenkedők kezdettől fogva rá voltak utalva a külföld támogatására. (franciákra vagy a törökre). Zrínyi ezt elvetette, ő csak a belső rendteremtés hosszú távú programjában bízott. Szerinte úgy lehet a magyar önállóságot megvédeni az udvarral szemben, ha megszerzik a szomszédos országok rendjeinek támogatását.
A Wesselényi-féle szervezkedés (1666-71) bízott a Portával való kapcsolatfelvételben. A ügynek megnyerték Lippay György esztergomi érseket és Nádasdy Ferenc országbírót is. A nádor erdélyi közvetítéssel a törökhöz fordult, és felajánlotta, hogy amennyiben elfogadják a magyar alkotmányt, a szabad királyválasztást, akkor és hadjárataikhoz nem követelnek segítséget, akkor a magyarok elismerik a Porta fennhatóságát és hajlandók évi adó fizetésére. Bár a török nem tett egyértelmű ígéretet, a nemesek Lippay (1666) és Wesselényi (1667) halála után is folytatták a szervezkedést. A vezetők második vonala azonban 1668-ban saját maguk árulták be a mozgalmat.
A szervezkedés második szakaszának vezetői Nádasdy, Zrínyi Péter horvát bán, Frangepán Ferenc és I. Rákóczi Ferenc lettek. 1670-ben tört ki a fegyveres felkelés. A törökök és a franciák azonban továbbra is passzívan szemlélték az eseményeket, ráadásul a felkelés nem talált igazán széles körű társadalmi támogatásra. Emiatt Zrínyi és Frangepán, megijedve a következményektől, Bécsbe siettek, és beárulták a mozgalmat. Mindkettőjüket elfogták, sőt családjukat is fogságba vetették. A Rákócziak elképesztő összegű váltságdíj kifizetése árán kerülték el a halálos ítéletet.
1671 ápr. végén Zrínyi Pétert, Frangepán Ferencet Bécsújhelyen, Nádasdy Ferencet pedig Bécsben lefejezték.
A Wesselényi-mozgalom megfelelő ürügyet adott Bécsnek ahhoz, hogy megkezdhesse régi tervének – a francia mintára alapozott abszolutizmusnak – a megvalósítását. Viszont hiányzott a rendszer kiépítéséhez szükséges társadalmi bázis, s ez azt eredményezte, hogy a Habsburg-abszolutizmus csak nagyon nehézkesen és felszínesen alakult ki. Bécs nem volt képes beilleszteni Magyarországot a birodalomba sem gazdaságilag, sem politikailag.
Első lépésként a nádori méltóságot nem töltötték be, hanem helyette kormányzóságot jelöltek ki az ország élére. Az 1673-ban felállított hét fős Guberniumnak négy német és három magyar tagja volt. A kormányzóság azonban mégsem jelentett igazi áttörést, hiszen hatáskörét nem határozták meg pontosan, s mellette végig megmaradtak a rendi főméltóságok is. A rendszer fenntartására az országban nagyszámú idegen katonaságot állomásoztattak, a magyar végvári katonaság jelentős részét pedig szélnek eresztették.
A magyar társadalmat az 1671. márciusi adórendelet érintette a legérzékenyebben, amely immár nem a portánként megajánlott kvótából, hanem a Magyarországon állomásoztatott idegen katonaság fenntartási költségeiből indult ki. Ennek 40%-át Magyarországra terhelte, s elrendelte a fogyasztási adó bevezetését is. Így egy jobbágyporta terhe évi 4-5 Ft-ról 80-100 Ft-ra növekedett volna, aminek felét a földesuraknak kellett volna viselniük. Bevezetése végül megbukott a magyar nemesség és jobbágyság együttes ellenállásán.
Az adóztatás terén kudarcot vallott abszolutizmus a protestánsok üldözésével kárpótolta magát. 1674-ben 700 protestáns lelkészt és tanítót idéztek Pozsonyba, többek között a törökkel cimborálás vádjával. A megjelent 300-at hazaárulás vádjával fő- és jószágvesztésre ítélték, de azokat, akik áttértek vagy lemondtak szolgálatuk folytatásáról, futni hagyták. A „megátalkodottnak” bizonyultakat különböző börtönökbe hurcolták, majd gályarabságra adták.1A protestáns templomok elvétele azonban a lakosság ellenállása miatt nehezen ment.
A mo.-i megtorlás mégsem mérhető a Csehországihoz. Méretei miatt sem, ill. azért, mert megmaradtak a rendi főméltóságok; csupán a nádori tisztet nem töltötték be. Nem sikerült a protestáns egyházak törvényen kívül helyezése sem. Mindebben nagy szerepe volt a megtorlások elől Erdélybe, ill. Erdély hódoltsági előterébe menekült bujdosók sorozatos, egyre erősödő támadásainak is.
Az udvar 1672-ben szélnek eresztette az egészében megbízhatatlannak minősített magyar végvári katonaság jelentős részét. Ezek csatlakoztak a bujdosó fő- és köznemesekhez, s a váradi török őrség oltalmában vártak bevetésre.
A bujdosók már 1672 augusztusában támadásba lendültek. Egészen a Szepsségig hódoltattak. A környékbeli megyék túlnyomórészt protestáns nemessége örömmel fogadta őket, s nagy számban álltak közéjük jobbágyok is. A győzelemsorozat azonban nem tartott sokáig. A bujdosók éppolyan gyorsan elveszítették az általuk inkább csak beszáguldott, semmint elfoglalt területeket, amilyen gyorsan elárasztották azokat. Ráadásul felszínre kerültek a mozgalom belső társadalmi feszültségei is.
1672 után a felkelés súlyos válságba került. Az új fővezér, Wesselényi Pál nem tudott megfelelni feladatának, viszont akkor sem volt hajlandó lemondani, amikor a bujdosók ismét Teleki Mihályt emelték vezérré. Kettejük vetélkedése megosztotta a mozgalmat.
Néhány év szünet, majd a mozgalom vezérévé Thököly Imre2 válik.
Az egyesült kuruc és erdélyi hadak támadása – Thököly Imre és Teleki Mihály vezényletével – 1678 kora nyarán indult, s nagyjában-egészében úgy végződött, mint a bujdosók 1672. évi hadjárata. Bár a hadjáratnak nagyobb volt a füstje, mint a lángja, Európa-szerte nagy feltűnést keltett s egy csapásra ismertté tette Thököly nevét.
Azon gondot, hogy a felkelőknek nem sikerült saját területre szert tenniük és a hadműveletek végeztével visszatérni kényszerültek a hódoltságba és Erdélybe – a török és Apafi kegyelemkenyerére -, a következő, 1680. évi hadjárat sem tudta megoldani. Pedig Thököly lovasai a Vág völgyén keresztül egészen Morvaországig portyáztak. Hogy az 1678 óta folyó béketapogatózásokat ezzel is előmozdítsa, végül I. Lipót császár juttatott saját téli szállást a maga területéből Thököly hadainak.
I. Lipót 1681 áprilisára Sopronba összehívta az országgyűlést3, amelyre meghívta a bujdosók követeit is. Hozzájárult, hogy a diéta ismét nádort válasszon4. Eltörölte az 1670 utáni újításokat, köztük a Guberniumot és az adórendszert, s biztosította a protestánsok szabad vallásgyakorlatát. Nagyjából helyreállt az 1608 után kialakult kormányzati rendszer.
Közben Apafi fokozódó féltékenységgel figyelte Thököly tekintélyének növekedését: több ízben megalázó hűségnyilatkozatra kényszerítette, s egyéb tekintetben is akadályozta függetlenedését.
A kurucok mégsem jelentek meg Sopronban és nem éltek a felkínált amnesztiával sem.
A Porta az orosz háború lezárulása után nyíltan a Béccsel való leszámolásra készült, s 1681-ben és 1682-ben támadásra utasította Apafit. 1682-ben Ibrahim budai pasa is csatlakozott a vállalkozáshoz. Kassa (aug. 14) és Fülek (szept. 10) bevétele után a pasa átadta Thökölynek az őt fejedelemmé kinevező szultáni iratot és a felségjelvényeket. Ezzel az eddigi három – a királyi Magyarország, Erdély és a hódoltság – mellé újabb államalakulat jött létre Magyarország területén: a török által Közép-Magyarországnak nevezett felső-magyarországi vazallus fejedelemség, amely 2 ezer arany évi adóval ismerte el a Porta fennhatóságát.
Kezdetben a Porta Apafira számított, s 1681 tavaszán a szultán Apafi nevére állította ki a magyarországi fejedelmi kinevező iratot is. Az erdélyi fejedelmet azonban visszariasztotta azon pont, miszerint köteles a törököket támogatni seregekkel.
A szuverenitásra vágyó Thökölyben azonban készségesebb partnerre találtak a törökök.
Thököly reálpolitikusként rosszul vizsgázott. Apafi messze jobban mérte fel a Habsburg-török erőviszonyokat, amikor vonakodott elfogadni az egyesített Erdély és a királyi Magyarország uralkodói tisztét.
1 1676 márc.-ban a holland flotta szabadította ki Nápolyban őket a spanyol gályákról.
2 Apja részt vett a Zrínyi-Rákóczi-féle felkelésben, apja halála után menekült Erdélybe. Apafi Mihály erdélyi fejedelem küldi a bujdosók közé az alkalmatlan Wesselényi helyébe, hogy a felkelés erdélyi szálait a lehetséges mértékig elfedje a Porta elől.
3 19 év szünet után
4 Esterházy Pál
